Joe Shimamura é o protagonista da história que se inicia quando este se junta ao grupo rebelde que decide então utilizar de suas novas aprimoradas habilidades para se voltar contra seus próprios criadores e dar um fim ao período de caos e destruição propagado por Black Ghost.
Em meio as suas aventuras, Joe e seus companheiros biônicos ainda se envolvem em conflitos com cientistas megalomaníacos que brincam de Deus em suas experiências na área de genética, terroristas do Oriente Médio, visitantes do futuro, mitos trazidos a vida pelo avanço da tecnologia, habitantes de civilizações perdidas e até cultos religiosos com fins inescrupulosos, tudo isso enquanto lidam com seu drama pessoal por terem sido privados de sua humanidade para serem convertidos em armas de destruição em massa. Agora eles buscam compensar sua existência lutando pela paz e justiça.